Die Geschichte der Gemeinde
Altertum
Zur Römerzeit befand sich auf dem Gebiet der heutigen Gemeinde ein Kohortenkastell nebst zugehörigem Vicus. Das Kastell befand sich rund 600 Meter nordnordwestlich des späteren Ortes. Es entstand um 45 n. Chr., wurde vermutlich nach den Wirren des Jahres 69 n. Chr. verstärkt und ausgebaut und bestand bis etwa 85 n. Chr. Nördlich und westlich dieses Lagers entstand ein Dorf (vicus), dessen lateinischer Name unbekannt ist und das wesentlich länger bestand als das Lager. Von der Mitte des 1. bis zur Mitte des 2. Jahrhunderts n. Chr. wurde hier außerdem eine Ziegelei betrieben.
Siehe auch: Kastell Emerkingen
Mittelalter
Etwa einen halben Kilometer südlich davon, an der Stelle der Ortsmitte von Emerkingen, entwickelte sich später eine alemannische Siedlung, von der ein merowingerzeitliches Gräberfeld zeugt. Bereits im Jahr 805 wurde Emerkingen in der latinisierten Form in Antarmarhingas in einer Schenkungsurkunde der Grafen Chadaloh I. und Wago an das Kloster St. Gallen erstmals urkundlich erwähnt. Die älteste greifbare, althochdeutsche Namensform des Ortes lautete also Antarmarchingan oder Antarmarkingan.
Das Dorf war namensgebend für die Herrschaft Emerkingen und die Freiherren von Emerkingen, deren mittelalterliche Burg im Jahre 1870 bis auf den sogenannten Römerturm abgebrochen wurde.
Frühe Neuzeit
Die Ortsherrschaft wechselte mehrmals. Am Ende des Heiligen Römischen Reichs gehörte eine Hälfte des Dorfes den Herren vom Stain, die diese seit 1377 besaßen. Die andere Hälfte des Dorfes erlangten 1732 die Grafen von Stadion aus der Hand der Habsburger, die es diesen aus ihrem Besitz in Vorderösterreich überließen. Beide Ortsherrengeschlechter waren im Ritterkanton Donau immatrikuliert.
Württembergische Zeit
Das Dorf fiel im Jahre 1805 an das Kurfürstentum Württemberg, welches im Jahr darauf zum Königreich erhoben wurde. Für die Verwaltung gelangte Emerkingen in die Zuständigkeit des Oberamts Ehingen, dem es über ein Jahrhundert angehörte.
Im Ersten Weltkrieg (1914-1918) mussten 20 Emerkinger ihr Leben lassen, für welche 1922 ein Kriegerdenkmal angelegt wurde.
Bei der Kreisreform während der NS-Zeit in Württemberg gelangte Emerkingen 1938 zum erweiterten Landkreis Ehingen.
Im Zweiten Weltkrieg (1939-1945) fielen 22 Emerkinger, und 13 wurden vermisst.
Nachkriegszeit
Im Jahre 1945 wurde Emerkingen Teil der Französischen Besatzungszone und kam somit zum Nachkriegsland Württemberg-Hohenzollern, welches 1952 im Bundesland Baden-Württemberg aufging.
Von 1949 bis 1952 fand eine Flurbereinigung statt. Das Kriegerdenkmal wurde 1961 neu gestaltet. 1971 hatte Emerkingen rund 600 Einwohner. Seit der Kreisreform am 1. Januar 1973 ist Emerkingen Teil des Alb-Donau-Kreises. Im Jahre 2005 wurde das 1200-Jahre-Jubiläum gefeiert.
Religionen
Am 7. Juli 1103 wurde mit der Burgkapelle die erste Kirche im Ort geweiht. Vor dem 20. Jahrhundert gehörte die Kirchengemeinde zum Pfarramt in Unterwachingen. Seit dem 3. Mai 1900 ist Emerkingen Sitz eines eigenen katholischen Pfarramtes. Die Gemeinde St. Jakobus Major ist inzwischen Teil der Seelsorgeeinheit Donau-Winkel im Dekanat Ehingen-Ulm.
Wappen
In Silber (Weiß) ein liegender roter Mauerhaken (N mit spitzen Enden).
Das Dienstsiegel des Schultheißenamts Emerkingen zeigte im Jahre 1930 das Vollwappen des Ortsadelsgeschlechts mit Helm, Helmzier und Helmdecken. Da Gemeindewappen im Gegensatz zu Familienwappen hierzulande in der Regel nur aus dem Schild mit dem Schildbild bestehen, wurde auch das Emerkinger Wappen entsprechend vereinfacht. Das Innenministerium hat diese Verbesserung am 13. Mai 1957 zur Kenntnis genommen.